用支持向量机识别β-发夹模体

• 作者: 李前忠 胡秀珍
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 超二级结构 β-发夹模体 离散增量 支持向量机
• 年，卷（期）: 2007,（6）
• 所属期刊栏目: 理论生物物理
• 页码范围: 463-469
• 页数: 7页
• 分类号: Q61
• 字数: 4040字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-6737.2007.06.008

摘要

基于蛋白质序列,提出了一种新的超二级结构模体β-发夹的预测方法.利用离散增量构成的向量来表示序列信息,并将6个离散增量输入支持向量机,在六维向量空间中寻找最优超平面,将β-发夹和非β-发夹进行分类.计算结果表明,利用所设计的算法预测β-发夹,有较高的预测能力.对于训练集,5-交叉检验的预测总精度为81.24%,相关系数为0.57,β-发夹敏感性为83.06%;对于独立的检验集,预测总精度为78.34%,相关系数0.56,β-发夹敏感性为77.24%.将此预测模型应用于CASP6的63个蛋白质进行检验,得到较好结果.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李前忠	内蒙古大学理工学院物理系	87	366	11.0	15.0
2	胡秀珍	内蒙古大学理工学院物理系	95	77	5.0	6.0