RNA二级结构预测的模糊模型

• 作者: 宋丹丹 邓志东
• 来源期刊: 中国科学E辑
• 学科: 工学
• 关键词: RNA二级结构预测 模糊模型 模糊动态规划
• 年，卷（期）: 2007,（10）
• 页码范围: 1285-1303
• 页数: 19页
• 分类号: TP3
• 字数: 14275字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1006-9275.2007.10.005

摘要

基于模糊集合理论, 提出了RNA二级结构预测的模糊模型. 该模型通过状态空间的模糊分割以及模糊目标的引入等, 可有效利用模糊动态规划算法给出该模糊模型的最优决策序列, 并进而获得待预测RNA最优与次优的二级结构. 基于模糊模型的方法具有许多优点, 如计算复杂性的降低, 最优与多个次优二级结构的一并获得, 以及定性先验知识的有效融入等. 完整地给出了RNA二级结构的模糊模型及其计算方法, 并进行了具体的实现. 将一个具体的BJK模糊模型结构实际应用于tRNA及tmRNA的数据集中, 并与基于最小自由能的mfold工具以及基于SCFG的BJK文法模型进行了比较研究. 实验结果表明该模型的有效性, 相应的预测精度得到了进一步的提高.