氨基酸编码方式对SVM预测蛋白质二级结构的影响

• 作者: 何中市 何静媛 邹东升
• 来源期刊: 四川大学学报(自然科学版)
• 学科: 工学
• 关键词: 蛋白质二级结构预测 氨基酸编码 SVM Profile编码
• 年，卷（期）: 2008,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1367-1370
• 页数: 4页
• 分类号: TP183
• 字数: 2684字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0490-6756.2008.06.019

摘要

为研究蛋白质二级结构预测时采用哪种氨基酸编码方式具有更好的预测精度,使用正交编码、5位编码、Codon编码(2种)和Profile编码等5种不同的氨基酸编码方式,并用SVM(支持向量机)进行蛋白质二级结构预测.实验结果表明,经过多重序列比对,包含更多生物进化信息的Profile编码方式的预测精度比起其他4种编码方式高出19.4%～23.9%.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何中市	重庆大学计算机学院	96	980	17.0	24.0
2	何静媛	重庆大学计算机学院	14	120	6.0	10.0
3	邹东升	重庆大学计算机学院	9	113	5.0	9.0