基于SwissPdbViewer和MATLAB对人类SOX蛋白三级结构建模及分析

• 作者: WU Fei-zhen ZHENG Wen-ling 姚文娟 陈启龙 马文丽
• 来源期刊: 系统仿真学报
• 学科: 工学
• 关键词: MATLAB SwissPdbViewer 同源建模 三级结构预测 SOX蛋白
• 年，卷（期）: 2008,（14）
• 所属期刊栏目: 建模与仿真理论及方法
• 页码范围: 3637-3643
• 页数: 7页
• 分类号: TP208.6
• 字数: 251字
• 语种: 中文

摘要

SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结合域.利用MATLAB的Sequence Analysis工具从Genbank 中下载人类SOX蛋白序列信息,二次筛选获得22个有效的序列数据.以三级结构已知的SOX2、SRY、SOX5为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构.结果显示SOX蛋白HMG-box的三级结构极为相似,由3个α螺旋和2个热力学结构不稳定的loop区构成;表面静电分析显示SOX蛋白C端有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔.SOX蛋白的上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关.