多序列比对软件T-Coffee的并行化设计与实现

• 作者: 张雯 王金华 蒋晓舟 靳新 骆志刚
• 来源期刊: 计算机应用与软件
• 学科: 工学
• 关键词: 全局比对 局部比对 渐近式算法 共享内存多处理机
• 年，卷（期）: 2008,（4）
• 所属期刊栏目: 算法
• 页码范围: 221-223
• 页数: 3页
• 分类号: TP3
• 字数: 2318字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-386X.2008.04.085

摘要

T-Coffee是广泛用于核酸或氨基酸的多序列比对工具.它通过生成基本信息库,扩展库,生成指导树,渐近式比对四个阶段来完成多序列的比对.分析了T-Coffee串行算法及其复杂度,并提出了基于SMP机的并行化版本.目标是使其充分并行化,实验结果表明它明显的提高了性能,并得到了很好的相对加速比.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	骆志刚	国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室	21	149	7.0	12.0
2	王金华	国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室	3	8	2.0	2.0
3	靳新	国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室	2	5	2.0	2.0
4	张雯	国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室	2	5	2.0	2.0
5	蒋晓舟	国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室	1	2	1.0	1.0