基于矩估计的生物序列模体的贝叶斯检验

• 作者: 刘三阳 刘倩 刘立芳
• 来源期刊: 中国生物医学工程学报
• 学科: 工学
• 关键词: 生物信息学 模体 先验分布 矩估计
• 年，卷（期）: 2009,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 862-866
• 页数: 5页
• 分类号: O212.7|TP30116
• 字数: 3820字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0258-8021.2009.06.012

摘要

针对生物序列模体的显著性检验问题,提出了一种基于矩估计的贝叶斯检验方法.将模体的显著性检验转化为多项分布的检验问题,选取Dirichlet分布作为多项分布的先验分布,并采用矩估计方法估计Dirichlet的超参数,最后应用贝叶斯定理得到一个贝叶斯因子,用于评价模体检验的统计显著性,这种方法克服了传统多项分布检验中构造检验统计量并计算其在零假设下确切分布中的困难.选择JASPAR数据库中107个转录因子结合位点和100组随机模拟数据进行实验,采用皮尔逊积矩相关系数作为评价检验质量的一个标准,实验结果优于传统的模体检验的一些方法,例如快速傅里叶方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘三阳	西安电子科技大学理学院	662	5562	32.0	51.0
2	刘倩	西安电子科技大学理学院	16	33	4.0	4.0
3	刘立芳	西安电子科技大学计算机学院	32	133	6.0	10.0