粳稻MYB蛋白家族的生物信息学分析

• 作者: 吴家胜 汪旭升 赵彦宏
• 来源期刊: 华南农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 粳稻 MYB蛋白 基因家族 功能域 进化分析
• 年，卷（期）: 2009,（4）
• 所属期刊栏目: 生物学
• 页码范围: 43-47
• 页数: 5页
• 分类号: Q816
• 字数: 3194字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-411X.2009.04.010

摘要

运用隐马尔柯夫模型(Hidden Markov model,HMM),对粳稻Oryza sativa L. ssp. japonica的蛋白质数据库进行搜索,共找到192个MYB蛋白同源序列,其中有126个R2R3-MYB蛋白,6个R1R2R3-MYB蛋白以及60个MYB相关蛋白(MYB-related protein).进一步分析所有粳稻的MYB蛋白基因在染色体上的分布,结果发现,MYB基因基本上是成簇分布的,在染色体1～8号特别明显.运用基于EM(Expectation maximization)算法的MEME程序,对MYB蛋白的功能域进行多序列比对分析,确定了R1、R2与R3结构域在每个位置上最大可能氨基酸的频率.此外,还对水稻中的MYB蛋白家族作了初步的进化分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵彦宏	鲁东大学生命科学学院	32	336	9.0	17.0
2	汪旭升	浙江大学生物信息研究所	11	193	6.0	11.0