生物信息学方法挖掘小麦中的microRNAs及其靶基因

• 作者: 卢承文 朱本忠 朱洪亮 栾福磊 罗云波 邵毅 陈安均 韩友生
• 来源期刊: 中国科学C辑
• 关键词: 表达序列标签 (express sequence tag,EST) 基因组概览序列 (genome survey sequence,GSS) microRNAs 靶基因 小麦
• 年，卷（期）: 2009,（6）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 585-595
• 页数: 11页
• 语种: 中文

摘要

microRNAs(miRNAs)是最近发现的一种内源、非编码、长度约为21 nt的小分子RNA,在转录后水平起调控基因表达的作用.先前的研究发现,植物中的miRNAs具有高度的保守性,这为在其他植物物种中通过同源比对发现保守的miRNAs提供了思路.本文利用EST和GSS分析法在小麦中预测miRNA及其靶基因.简单过程是,将其他植物物种中已经发现的miRNA与小麦的EST和GSS数据库比对,经过一系列的标准筛选、预测小麦miRNA.通过这一策略,本文共得到属于18个家族的37条小麦miRNA,其中有10条保守的miRNA是第一次被发现.发现miR395是一个非常特殊的家族,因为它的3个成员成簇的存在形式与动物miRNAs非常相似.本文还利用新发现的小麦miRNAs通过在线软件miRU与编码蛋白的数据库比对,总共预测到361个靶基因,其中一些靶基因参与到了小麦的生长发育、新陈代谢及抗逆过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	罗云波		257	3241	29.0	44.0
2	朱本忠		73	593	14.0	20.0
3	邵毅		3	59	2.0	3.0
4	陈安均		4	76	3.0	4.0
5	韩友生		1	0	0.0	0.0
6	栾福磊		1	0	0.0	0.0
7	朱洪亮		1	0	0.0	0.0
8	卢承文		1	0	0.0	0.0