全基因组预测Phenylobacterium zucineum HLK1T的外排蛋白

• 作者: 丁宗辉 严智宇
• 来源期刊: 浙江大学学报(医学版)
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质转运 基因组 计算生物学 序列分析 蛋白分选信号 软件 蛋白质组
• 年，卷（期）: 2009,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 174-180
• 页数: 7页
• 分类号: Q812
• 字数: 3966字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3785/j.issn.1008-9292.2009.02.010

摘要

目的:通过搜索Phenylobacterium zucineum HLK1T全基因组编码蛋白的N-端信号肽,跨膜α-螺旋等外排信号来预测其外排蛋白.方法:应用SingalP V3.0、LipoP V1.0、Phobius和TMHMM 2.0对HLK1T基因组所编码的蛋白进行综合预测;对保守序列用手工方法进行搜索,预测Ⅳ型蛋白和TAT通路蛋白.对预测到的外排蛋白进行COG分类.结果:HLK1T基因组编码的3 861个蛋白中有1 378个(35.7%)为外排蛋白,其中以跨膜蛋白为最多,共预测到735个(占总蛋白的19.0%,外排蛋白的53.3%).此外,它还编码499个Ⅰ型分泌蛋白(12.9%,36.2%)和101个脂蛋白(2.6%,7.3%),以及4个Ⅳ型蛋白和12个TAT通路蛋白.根据COG分类,这些外排蛋白中与无机离子转运和代谢相关的P蛋白以及功能未明的S蛋白为最多.结论:HLK1T编码大量外排蛋白,这些蛋白可能在细菌与宿主的相互作用以及胞内寄生的过程中发挥重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	严智宇	浙江大学医学院附属第二医院肿瘤研究所	4	19	3.0	4.0
2	丁宗辉	浙江大学医学院附属第二医院肿瘤研究所	1	2	1.0	1.0