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Egfr基因启动子区的DNaseⅠ高敏感位点定位
Egfr基因启动子区的DNaseⅠ高敏感位点定位
作者:
张玉祥
张秀芳
李岩
李珊珊
李相辉
王泽生
赵博
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
连接介导PCR
DNaseⅠ高敏感位点
egfr基因
启动子
摘要:
目的 用一种新方法研究表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因启动子区脱氧核糖核酸酶Ⅰ高敏感位点(DNaseⅠhypersensitive site,DHS),找出确切DNaseⅠ酶切位点,进而预测可能与DHS相结合的转录因子,探索egfr基因表达调控机制.方法本研究以宫颈癌细胞系HeLa(EGFR+)、乳腺癌细胞系MDA-MB-231(EGFR+)和阴性对照白血病细胞系K562(EGFR-)为模型,在用浓度为5 kU/L、10 kU/L DNase Ⅰ消化细胞核中染色质后,采用连接介导PCR(ligation-mediated PCR,LM-PCR)的方法,检测出egfr基因启动子区DHS,并进行测序.通过对测序结果进行分析,确定egfr基因启动子区DHS的具体位置.用生物信息学方法对所得DHS进行分析,预测与之结合的转录因子. 结果对测序结果进行分析得到确切DNaseⅠ酶切位点.在egfr基因表达阳性的宫颈癌细胞系HeLa、乳腺癌细胞系MDA-MB-231中,DHS位于转录起始点上游300 bp至500 bp的启动子区内;而在egfr基因表达阴性的白血病细胞系K562中未发现DHS.运用生物信息学方法,用转录元件搜索软件(transcription element search software,TESS)对DHS进行分析,找到16个可能与egfr基因启动子区DHS序列相结合的转录因子.结论在egfr基因表达阳性的细胞系中,egfr基因启动子区存在DHS,可能是转录因子的结合区.这些实验结果为研究egfr基因启动子区空间构象、预测转录因子结合位点提供了部分实验依据.
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文献信息
篇名
Egfr基因启动子区的DNaseⅠ高敏感位点定位
来源期刊
首都医科大学学报
学科
生物学
关键词
连接介导PCR
DNaseⅠ高敏感位点
egfr基因
启动子
年,卷(期)
2009,(2)
所属期刊栏目
基础研究
研究方向
页码范围
189-194
页数
6页
分类号
Q291
字数
3127字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1006-7795.2009.02.016
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
王泽生
首都医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系
12
12
2.0
2.0
2
张玉祥
首都医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系
37
93
4.0
8.0
3
李岩
首都医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系
103
619
13.0
20.0
4
李珊珊
首都医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系
42
174
8.0
12.0
5
赵博
河北医科大学病原生物学教研室
14
50
4.0
6.0
6
李相辉
首都医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系
3
1
1.0
1.0
7
张秀芳
河北青河人民医院妇产科
1
1
1.0
1.0
传播情况
被引次数趋势
(/次)
(/年)
引文网络
引文网络
二级参考文献
(0)
共引文献
(0)
参考文献
(9)
节点文献
引证文献
(1)
同被引文献
(0)
二级引证文献
(0)
2006(1)
参考文献(1)
二级参考文献(0)
2007(2)
参考文献(2)
二级参考文献(0)
2008(5)
参考文献(5)
二级参考文献(0)
2009(1)
参考文献(1)
二级参考文献(0)
2009(1)
参考文献(1)
二级参考文献(0)
引证文献(0)
二级引证文献(0)
2015(1)
引证文献(1)
二级引证文献(0)
研究主题发展历程
节点文献
连接介导PCR
DNaseⅠ高敏感位点
egfr基因
启动子
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
首都医科大学学报
主办单位:
首都医科大学
出版周期:
双月刊
ISSN:
1006-7795
CN:
11-3662/R
开本:
16开
出版地:
北京右安门外首都医科大学内
邮发代号:
82-56
创刊时间:
1980
语种:
chi
出版文献量(篇)
4226
总下载数(次)
10
总被引数(次)
30775
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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