葡萄全基因组SSR分析和数据库构建

• 作者: 周军 姚泉洪 李成慧 章镇 蔡斌 陶建敏
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: SSR 欧亚种葡萄 基因组 数据库
• 年，卷（期）: 2009,（4）
• 页码范围: 28-32
• 页数: 5页
• 分类号: S6631
• 字数: 3589字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-2030.2009.04.006

摘要

利用Perl语言开发了用于探寻基因组SSR的程序SSRFinder,并利用其从法国国家基因测序中心(Genoscope)公布的欧亚种葡萄(Vitis vinifera L.)黑比诺品系PN40024的基因组序列中检索到114 520个SSR.其中含单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为37 648(329%)、30 123(263%)、18 705(163%)、14 566(127%)、3 492(30%)和9 986(87%)个.在各类SSR中,不同核苷酸组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含A/T重复单元的SSR频率最高,而富含C/G重复单元的SSR频率最低.SSR在基因组上主要分布在基因间隔区,其次是基因的非翻译区,在编码区的分布密度最小.三核苷酸和六核苷酸SSR在翻译区的分布密度明显高于其他类型的SSR.利用这些SSR序列共设计出80 065(699%)对SSR引物.另外,本研究开发了一个基于Web界面的SSR数据库DGSSR,收录和注释全基因组与EST的SSR,并提供了查询界面,网址为http://wwwyaolabshcn/ssr.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周军	南京农业大学园艺学院	31	77	4.0	8.0
2	章镇	南京农业大学园艺学院	286	5756	35.0	58.0
3	陶建敏	南京农业大学园艺学院	118	1564	23.0	30.0
4	姚泉洪	上海市农业科学院生物技术研究所	62	1232	19.0	33.0
5	蔡斌	南京农业大学园艺学院	9	66	6.0	8.0
7	李成慧		26	71	4.0	7.0