PPP4R1基因与肿瘤相关性的生物信息学预测及在胃癌组织中的初步验证

• 作者: 刘小康 常文军 张宏伟 徐兴兴 曹广文 林丽萍 翟羽佳 马立业
• 来源期刊: 第二军医大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 胃肿瘤 生物信息学 功能基因组学 磷蛋白磷酸酶 PPP4R1基因
• 年，卷（期）: 2009,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 275-278
• 页数: 4页
• 分类号: R735.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1008.2009.00275

摘要

目的:应用生物信息学分析方法预测基因PPP4R1与胃癌发生和转移的关系,并采用RT-PCR进行验证.方法:利用基因功能模块原理,通过IntNetDB找到基因PPP4R1的伙伴基因,应用CFinder工具找其社团基因,Chilibot在线工具分析社团基因与肿瘤的关系,继而推测PPP4R1与胃癌的联系.采用RT-PCR法检测18对分别来自同一患者的转移和原位肿瘤组织、12对分别来自同一患者的原位肿瘤和癌旁正常组织PPP4R1基因表达,对上述生物信息学分析的结果进行验证.结果:生物学分析结果表明,PPP4R1的社团基因有CTDSP2、PPP2R5E、CTDP1、CTDSP1、FLJ22405、MTMR4、PPP1CA、PPP1CB、PPP1CC、PPP2R2A、PPP2R5A、PPP2R5C、PPP3CC,其中与癌相关的基因有9个,与癌及转移相关的基因有2个.PCR验证结果表明:18例原位胃癌组织中有15例基因PPP4R1表达高于其对应的转移组织(P<0.01);12例正常组织有9例高于其对应的癌组织(P<0.01).结论:基因PPP4R1可能与胃癌的发生和转移相关;生物信息学可能成为研究基因功能快速而有效的新方法.