肠道病毒71型VP1基因及蛋白结构与功能的生物信息学分析

• 作者: 周惠玲 崔颖鹏 徐鸿绪 胡旭初
• 来源期刊: 中华传染病杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肠道病毒71型 基因,病毒 病毒蛋白质类 计算生物 氨基酸序列
• 年，卷（期）: 2010,（7）
• 页码范围: 408-412
• 分类号: R5
• 字数: 3894字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1000-6680.2010.07.007

摘要

目的 分析肠道病毒71型(EV71)VP1基因及其编码蛋白的结构与功能,以指导其生物学功能研究.方法 利用多种生物信息在线分析工具和分析软件包分析EV71 2008-GZCH07株VP1基因及编码蛋白与其他EV71代表株的序列,进行多序列同源比对,并构建分子进化树.预测该基因编码的蛋白质理化特性,二级结构、三维结构等结构特性,酶学特性和抗原表位等免疫学特性.结果 2008-GZCH07株与ZJ001株同源性最高(97%和98%),与人柯萨奇病毒A16同源性最低,与EV71 A、B、C型病毒的同源性为86%～98%.2008-GZCH07株与ZJ001株和 BJ08-Z025-5株的进化距离较近,属于C4亚型;A、B、C三型EV71的VP1编码蛋白中,2008-GZCH07株VP1编码蛋白与B、C型进化距离较A型近.VP1基因全长510 bp,开放读码框位于116～510 bp区域,编码132个氨基酸,等电点为4.39.VP1蛋白富含α螺旋和无规卷曲,无跨膜区域,含5个高疏水性区域,属于胞外蛋白.蛋白质同源建模分析表明该区域位于蛋白表面,形成环状结构,含有5个抗原簇,7个关键催化位点位于该区域内或其附近.结论 EV71-VP1基因编码蛋白分布有多个磷酸化位点,具有较多的生物功能位点和潜在的抗原表位区域,可能是免疫诊断、药物作用研究及疫苗研制的靶抗原,可为EV71诊断、治疗及预防方面的应用价值提供重要的参考依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	胡旭初	中山大学中山医学院寄生虫教研室	108	574	13.0	17.0
2	崔颖鹏	中山大学附属第一医院检验医学部	61	466	12.0	18.0
3	徐鸿绪	中山大学附属第一医院检验医学部	48	115	5.0	7.0
4	周惠玲	中山大学中山医学院检验医学系	4	3	1.0	1.0