蛋白质-核酸复合物界面氨基酸与核苷酸偏好性分析

• 作者: 伍洪涛 吴建盛 孙啸 胡栋 谢建明
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质-核酸复合物界面 结合残基 结合偏好性 氨基酸极性
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 234-244
• 页数: 11页
• 分类号: Q527+.2
• 语种: 中文

摘要

蛋白质-核酸相互作用机制到目前还不是很清楚,尤其是蛋白质与RNA的相互作用.目前,可得到的蛋白质-核酸复合物结构数据不断增多,作者收集了Protein Data Bank数据库中所有的蛋白质-核酸复合物结构数据,对复合物中结合残基和结合核苷酸的偏好性进行了统计分析.发现:1)不同功能的蛋白质-核酸复合物间的结合残基数量存在显著差异;2)在蛋白质-DNA和蛋白质-RNA复合物界面,碱性氨基酸都是最受欢迎的;3)氨基酸的极性大小及方向在决定它是否与RNA分子进行结合时起到重要的作用,同时发现氨基酸侧链形成的空间位阻会影响氨基酸残基与RNA分子的相互作用;4)随着定义结合残基距离阈值的增大,其氨基酸使用的特异性降低,而受欢迎与不受欢迎的氨基酸种类均没有变化.