Smith-Waterman算法OpenMP并行化

• 作者: 张瑜 王继东
• 来源期刊: 自动化技术与应用
• 学科: 工学
• 关键词: OpenMP Smith-Waterman算法 并行编程
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 所属期刊栏目: 计算机应用
• 页码范围: 37-40
• 页数: 4页
• 分类号: TP312
• 字数: 3068字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1003-7241.2010.01.011

摘要

基因比对可以实现对海量生物信息的分析和处理,其中Smith-Waterman算法实现的比对信息精确度较高,但是处理速度慢.本文利用共享存储编程的工业标准OpenMP对Smith-Waterman算法进行了并行化实现.在一个拥有四个双核CPU的SMP节点上的测试表明,共享并行化使得该局部比对算法的速度提高了40%.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王继东	西北师范大学计算机科学与技术系	5	47	3.0	5.0
2	张瑜	西北师范大学计算机科学与技术系	10	52	3.0	7.0