基于FPGA的带回溯的Smith-Waterman算法加速器的设计与实现

• 作者: 倪时策 夏飞 窦勇 邹丹
• 来源期刊: 国防科技大学学报
• 学科: 工学
• 关键词: FPCA Smith-Waterman算法 脉动阵列 回溯
• 年，卷（期）: 2009,（5）
• 所属期刊栏目: 计算机工程
• 页码范围: 29-32
• 页数: 4页
• 分类号: TP302
• 字数: 2264字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-2486.2009.05.006

摘要

针对传统的Smith-Waterman硬件算法加速器未保存回溯路径而无法回溯的问题,通过将计算路径存入外存,在FPGA平台上基于脉动阵列实现了带回溯的Smith-Waterman算法加速器,详细阐述了算法加速器回溯设计中的关键技术以及算法加速器的系统结构.实验表明,与传统的解决方案相比,带回溯的算法加速器最高可获得161倍加速比,能够有效提高带回溯的Smith-Waterman算法执行效率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	窦勇	国防科技大学计算机学院	33	85	4.0	7.0
2	夏飞	国防科技大学计算机学院	4	22	2.0	4.0
3	倪时策	国防科技大学计算机学院	2	8	2.0	2.0
4	邹丹	国防科技大学计算机学院	2	5	1.0	2.0