玉米同义密码子使用偏性分析

• 作者: 于金海
• 来源期刊: 黑龙江农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 玉米 同义密码子使用偏性 最优密码子 GC含量
• 年，卷（期）: 2010,（7）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 1-4
• 分类号: S513.035.3|Q755
• 字数: 3505字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2767.2010.07.001

摘要

利用玉米B73全基因组53 764个基因的表达序列数据,使用多重变量分析软件CodonW对影响密码子用法的因素进行分析.结果表明:在59种同义密码子中有27种为玉米最优密码子.同时还指出,最优密码子的使用频率(FOP)与基因的G+C含量(GC),尤其是第3位密码子的G+C百分含量(GC3S)、密码子适应指数(CAI)和密码子偏爱指数(CBI)之间均呈现极显著的正相关(相关系数分别为r＝0.780 7、0.822 3、0.731 4和0.986 3),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.681 5).表明基因GC含量直接影响玉米密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强.27个最优密码子的首次确定将对玉米转基因具有重要指导意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	于金海	黑龙江省农业科学院作物育种研究所	7	23	3.0	4.0