基于马尔科夫链的胰蛋白酶肽段蛋白酶切位点概率预测

• 作者: 刘辉 孙汉昌 张伟 张纪阳 徐长明 朱云平 谢红卫 马海滨
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白鉴定 胰蛋白酶肽段 酶切/漏切肽段 马尔科夫链 概率预测
• 年，卷（期）: 2011,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 528-536
• 页数: 9页
• 分类号: Q811.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1260.2011.00528

摘要

在基于质谱技术的蛋白质鉴定过程中,数据库搜索是主要的方法.漏切位点和酶切规则决定了图谱候选肽段的范围,是数据库搜索算法的重要参数.对于常用的胰蛋白酶切来说,除了局部构象、三维结构、实验条件,以及其它偶然因素会影响赖氨酸K或者精氨酸R后的位点能否被酶切外,该位点附近的其它氨基酸也会影响蛋白水解酶的酶切效果.从质谱图谱中时常会鉴定出包含漏切位点的肽段,因此,预测蛋白质的酶切位点能够为数据库搜索算法提供更为可靠的模型,也能够为了解和分析蛋白质的酶切规律提供依据.本文提出了一种基于马尔科夫(Markov)链的预测方法,能够利用蛋白质的序列信息来预测候选酶切位点的酶切概率,在蛋白酶切过程中,预测肽段的覆盖率可以达到85%以上.