版纳微型猪近交系SRY基因编码区序列克隆及生物信息学分析

• 作者: 成文敏 曾养志 潘伟荣 王配 霍金龙 魏红江
• 来源期刊: 中国实验动物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 版纳微型猪近交系 SRY基因 序列分析 系统进化树
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 324-330,319
• 分类号: Q95-33
• 字数: 4689字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-4847.2011.04.012

摘要

目的 获得版纳微型猪近交系(BMI) SRY基因编码区序列并进行分子系统进化研究.方法 以看家基因GAPDH为内参,对BMI猪的SRY基因编码区序列进行PCR扩增、克隆和序列分析,并应用Lasergene、BioEdit、ClustalX、MEGA等生物信息学软件同鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹等15个物种相应SRY编码区核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对分析,在此基础上采用NJ和ME法对其编码区氨基酸序列构建了分子系统进化树.结果 BMI猪SRY基因编码区序列长711 bp,编码236个氨基酸,GenBank登录号为GU991615.BMI猪与鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹的SRY基因编码区核苷酸序列相似性分别为83.7％、82.8％、78.4％、78.0％、76.9％、73.3％、73.1％、73.0％、72.9％、72.7％、72.7％、72.2％、71.6％、71.3％、70.8％,相应的氨基酸序列相似性分别为72.8％、54.5％、67.3％、64.5％、61.5％、61.9％、59.5％、61.4％、62.0％、59.1％、59.0％、62.0％、59.6％、59.6％、59.2％.结论 BMI猪同鲸鱼等15个物种的SRY基因编码区核苷酸和相应氨基酸序列具有较高的保守性.NJ和ME方法聚类构建的分子系统进化树表明,BMI猪与牛、绵羊、鹿聚为一个分支,符合分类学地位,它们分别为偶蹄目下的猪科、牛科和鹿科动物.