版纳微型猪近交系SLA-DOA基因克隆、mRNA表达及蛋白质功能生物信息学分析

• 作者: 姚茂东 张永云 朱宏涛 李卫真 李罗刚 王淑燕 王配 霍金龙
• 来源期刊: 中国免疫学杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 猪白细胞抗原DO座位alpha亚基 版纳微型猪近交系 组织表达 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 免疫学技术与方法
• 页码范围: 873-878
• 页数: 6页
• 分类号: S852.4
• 字数: 4993字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-484X.2017.06.014

摘要

目的:克隆版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)白细胞抗原DO座位alpha亚基(SLA-DOA)的编码序列,并对其19个重要组织mRNA表达作半定量分析.方法:RT-PCR方法获得SLA-DOA的全长cDNA序列;半定量RT-PCR方法分析其在BMI重要组织的mRNA表达谱,并运用生物信息学对其核酸及蛋白序列进行分析,构建系统进化树.结果:BMI SLA-DOA cDNA长度为1 079 bp,编码250个氨基酸,蛋白质分子量为27.81 kD,等电点为6.48;位于猪7号染色体,由4个外显子和3个内含子构成;其mRNA高表达于淋巴结和胃,低表达于心脏、皮肤和十二指肠,在其他14种组织中不表达;SLA-DOA蛋白存在1个信号肽,1个跨膜螺旋,3个保守域,4个O连接的糖基化位点,18个磷酸化位点,位于细胞质的概率是94.1％;系统进化分析表明,在所选择的6个物种中,BMI(猪)与牛的亲缘关系最近.结论:本研究成功克隆了版纳微型猪近交系SLA-DOA基因并进行了生物信息学功能分析和多种组织表达分析,为版纳微型猪近交系的异种器官移植研究奠定基础.