超大规模序列比对计算的并行优化

• 作者: 刘昕 曹宗雁 迟学斌 郎显宇
• 来源期刊: 计算机应用
• 学科: 工学
• 关键词: 并行计算 生物信息学 分子标记 序列比对 任务分割 e-PCR
• 年，卷（期）: 2011,（z2）
• 所属期刊栏目: 先进计算
• 页码范围: 32-35
• 分类号: TP312
• 字数: 5289字
• 语种: 中文

摘要

针对生物信息学研究中的超大规模序列比对计算问题进行了研究,解决了现有的e-PCR软件包在处理小麦基因引物扩增比对任务中存在的内存瓶颈、I/O瓶颈和计算时间瓶颈问题,利用数据和任务分割的基本方法,使其最关键的引物与模板的比对计算能够大规模并行,进而采用基于主从通信模式的MPI通信框架进行编程实现,并从任务的缩减、负载平衡、容错和多作业并发等方面进行了优化,最终在百万亿次超级计算机上顺利实现了千核级大规模并行计算,在数十日内即可完成原本预期需要数年的小麦序列扩增比对计算.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	迟学斌	中国科学院计算机网络信息中心	101	634	14.0	21.0
2	曹宗雁	中国科学院计算机网络信息中心	10	98	4.0	9.0
6	郎显宇	中国科学院计算机网络信息中心	7	36	3.0	6.0
7	刘昕	中国科学院遗传与发育生物学研究所	24	594	12.0	24.0