用于Roche/454高通量测序的12个多重标签转录组文库的构建

• 作者: 柯才焕 陈军 陈志森 黄子夏
• 来源期刊: 厦门大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 转录组 Roche/454高通量测序 多重标签 PCR抑制效应
• 年，卷（期）: 2012,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 774-781
• 分类号: Q356.1
• 字数: 6697字
• 语种: 中文

摘要

利用第二代测序技术测定海洋生物转录组已成为揭示海洋生物分子生物学机制的重要工具.以长度为10 nt的不同多重标签(multiplex identifier)进行区分,构建了 杂色鲍(Haliotis diversicolor)、僧帽牡蛎(Saccostrea cucullata)和亚心形扁藻(Platymonas subcordi ormis)3种海洋生物的12个多重标签转录组文库.以合适的比例对各文库进行混合,利用定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000等3种DNA浓度测定方法测定每个多重标签转录组文库的DNA浓度,3种方法的数值均一化并加权平均后,按照预定比例混合.为评估文库质量,先采用传统的Sanger测序测定了混合文库的192条序列,发现191条序列具有符合Roche/454高通量测序要求的AB格式,即一端为454A序列,另一端为454B序列；其中189条序列能分辨出其带有的多重标签；插入的平均长度为348 bp.然后通过Roche/454的滴定测序获得了34642条序列,其中32872条序列(94.9％)能分辨出其带有的多重标签,能够精确地分配到12个转录组,并且利用滴定测序结果计算出每个转录组文库的真实比例,对定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000进行了评估,结果表明定量PCR是相对准确的定量方法.以上的评估表明所建立的转录组文库构建方法是稳定可靠的,可以广泛应用于转录组学研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	柯才焕	厦门大学海洋与地球学院	72	850	18.0	25.0
2	陈军	厦门大学海洋与地球学院	14	51	4.0	6.0
3	陈志森	厦门大学海洋与地球学院	3	17	2.0	3.0
4	黄子夏	厦门大学海洋与地球学院	2	20	1.0	2.0