茄科雷尔氏菌蛋白质相互作用网络预测及分析

• 作者: 乔代蓉 吕林峰 姜春雷 曹毅 赵锐
• 来源期刊: 应用与环境生物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 茄科雷尔氏菌 蛋白质相互作用 蛋白质功能 蛋白质组学 青枯病 朴素贝叶斯模型
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 139-146
• 页数: 8页
• 分类号: S432|Q936
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1145.2012.00139

摘要

细菌性青枯病是由茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起的一种世界范围的细菌性土传病害.该细菌基因组序列的完全测序,使得从蛋白质组角度来分析其蛋白质相互作用网络成为可能.本文通过朴素贝叶斯模型整合系统发生谱法、基因邻近法、基因融合法、操纵子法、同源映射法、微阵列法、域相互作用法等7种方法,并根据约豋指数确定的阙值,预测了可信的茄科雷尔氏菌的蛋白质相互作用网络.对网络中的分泌子网络和信号转导进行了分析,提出可能的药物作用靶点(cyaB、pilD、Fli、Rsp1526、VsrA、VsrB、PilH).对于未注释的蛋白依据蛋白相互作用推测了部分蛋白质的功能.本文也提供了完全免费的在线数据库支持,提供了方便的茄科雷尔氏菌的蛋白相互作用的查询及相互作用数据和推测的蛋白质功能数据的查询和下载(http://www.scbmp.org.cn/rsoppi.php).

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	乔代蓉		72	604	13.0	24.0
2	曹毅		93	714	14.0	25.0
3	赵锐		10	37	2.0	6.0
4	吕林峰		3	0	0.0	0.0
5	姜春雷		2	0	0.0	0.0