甘蔗SCoT-PCR反应体系优化与多态性引物筛选及应用

• 作者: 凌辉 吴期滨 王恒波 苏亚春 许莉萍 阙友雄 陈珊珊
• 来源期刊: 应用与环境生物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甘蔗 SCoT标记 体系优化 引物筛选 多态性能力
• 年，卷（期）: 2012,（5）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 810-818
• 页数: 9页
• 分类号: S566.103
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1145.2012.00810

摘要

目标起始密码子多态性( Start condon targeted polymorphism,SCoT)分子标记是一种新型的标记,结合了ISSR标记和RAPD标记的优点.本研究针对SCoT-PCR反应体系的影响因素,以甘蔗叶片DNA为材料,在单因子实验的基础上,采用L16(45)正交实验设计,进一步探讨了模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物及Taq酶等5个因素对甘蔗SCoT-PCR扩增效果的影响,建立了甘蔗SCoT-PCR的优化反应体系.25 μL PCR反应混合液中,含50 ng DNA模板、2.0 μL 10×Ex Taq Buffer ( Mg2+ Plus)、0.625 UEx Taq酶,dNTP和引物的终浓度分别为0.22 mmol/L和0.9μmol/L.以我国种植面积最大的栽培品种新台糖22号为模板,应用优化体系,对40条SCoT标记引物进行测试,筛选出16条有效扩增的引物,且均为多态性引物,其GC含量在50％～67％之间.该体系的稳定性和SCoT标记引物的扩增能力,通过基于随机选择的4条引物对9份具有地理来源和遗传背景不同的甘蔗种质进行标记分析来验证,结果共扩增出84条带,其中多态性条带占82.14％,平均单条引物可扩增出21条.研究结果为在甘蔗上进一步开发和应用功能性SCoT标记奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王恒波		13	64	6.0	7.0
2	阙友雄		41	502	13.0	21.0
3	许莉萍		59	686	15.0	23.0
4	苏亚春		13	55	4.0	7.0
5	凌辉		7	6	1.0	2.0
6	陈珊珊		3	22	1.0	3.0
7	吴期滨		3	0	0.0	0.0