基于转录组测序在人类全基因组内鉴定与癌症相关的polyadenylation和non-polyadenylation RNA

• 作者: 余鲲涛 卜德超 孙亮 廖奇 李慧 焦飞 罗海涛 赵国光 赵屹
• 来源期刊: 中国科学（生命科学）
• 关键词: 多聚腺苷酸化 非多聚腺苷酸化 功能注释 高通量测序 癌症生物信息学
• 年，卷（期）: 2013,（5）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 376-386
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.1007/s11427-013-4485-1

摘要

真核生物的mRNA包括2种形式的转录本,根据它们3'端是否存在poly(A)尾巴,可以分为带poly(A)的mRNA(简写成poly(A)+mRNA)和不带poly(A)的mRNA(简写成poly(A)-mRNA).Poly(A)+ mRNA的主要功能是促进蛋白质的编码,但是对poly(A)-mRNA的功能却知之甚少.而已有的研究表明,poly(A)-mRNA和双态(bimorphic)的mRNA(即包含poly(A)+mRNA又包含poly(A)-mRNA)也是基因转录的一个重要部分.本研究通过建立一个综合性的数据分析流程,首先从不同细胞系中鉴定出这些不同形式的mRNA,然后比较这些poly(A)+及poly(A)-mRNA在正常细胞系和对应的癌症细胞系中的表达差异,从而确定这些RNA转录物的潜在功能.通过生物信息学的分析表明,在正常和肿瘤细胞系中确实存在差异表达的poly(A)+和poly(A)-mRNA.对差异表达的基因进行功能富集,结果表明,这2类mRNA都富集了包括细胞周期、细胞凋亡及细胞死亡相关的功能,而这些功能已经被证明和癌症的发生和发展是密不可分的.此外,还有一类差异表达的poly(A)-mRNA富集了和翻译及翻译延长相关的功能.因此,本研究表明,poly(A)-mRNA也可能在癌症的发生和发展中发挥着重要的作用.