可可全基因组SSR标记的开发及分析

• 作者: 于元杰 曹恒春 杨龙 王毅 王玉军 黄莉莎
• 来源期刊: 山东农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 可可 基因组 SSR标记
• 年，卷（期）: 2013,（3）
• 页码范围: 340-344
• 页数: 5页
• 分类号: Q786
• 字数: 2828字
• 语种: 中文

摘要

SSR标记是一种广泛应用的分子标记技术,在可可基因组的研究中发挥了重要的作用.本研究运用生物信息学的方法,对可可全基因组进行了扫描,共得到10,4653个SSR区段.对这些SSR区段进行分析,发现含有碱基数目不同的重复单元之间具有较大的差异:含有七核苷酸的重复单元最多,为70,414个,占所有重复单元总数的67.3％;其次为二核苷酸重复单元,为23,272个,占总数的22.2％.在各类SSR单元中,不同核苷酸重复单元出现的频率有明显的差异,其中富含A/T重复单元的SSR单元数目最多,占总数的67％;而C/G重复单元的SSR单元数目较少,约占总数的0.02％.利用SSR单元的位点信息,设计出了65,861对引物,并在可可基因组中进行了电子PCR扩增验证,结果显示100％的引物均能扩增出产物条带.在可可基因组中大规模开发的SSR标记,将为可可的进化、分类和遗传多样性研究提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	于元杰	山东农业大学农学院	59	898	18.0	27.0
2	王玉军	山东农业大学植物保护学院烟草系	64	767	16.0	26.0
3	杨龙	山东农业大学植物保护学院烟草系	8	70	4.0	8.0
4	王毅	山东农业大学农学院	8	29	3.0	5.0
5	黄莉莎	山东农业大学农学院	2	17	2.0	2.0
6	曹恒春	山东农业大学植物保护学院烟草系	2	17	2.0	2.0