鸭HDAC1基因编码区的分子克隆及生物信息分析

• 作者: 何桦 刘贺贺 孙玲俐 张荣萍 李亮 王浩瀚 王继文
• 来源期刊: 中国畜牧杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 组蛋白乙酰化 HDAC1 分子克隆 序列分析 生物信息 鸭
• 年，卷（期）: 2013,（9）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 6-10
• 页数: 5页
• 分类号: S834.2
• 字数: 3624字
• 语种: 中文

摘要

本研究利用RT-PCR方法获得了鸭HDAC1基因编码区(CDS)序列,结合生物信息学方法对鸭HDAC1序列进行了分析,并比较了其与人HDAC1二级结构和空间结构上的差异.结果表明:鸭HDAC1基因开放阅读框序列1 440 bp,编码479个氨基酸残基,与原鸡的同源性在核苷酸和氨基酸水平分别达到91.46％及93.53％,而与哺乳动物类及昆虫类同源性较低.HDAC1系统进化树表明,鸭HDAC1与原鸡聚在一支,而与哺乳动物人和小鼠遗传距离相对较近,并归类为一大支；鸭与人HDAC1二级结构和修饰位点上也有一定差异,在亲、疏水性质方面又表现一致.鸭与人HDAC1功能也较类似,在氨基酸生物合成、中央中介代谢、转译、能量代谢等功能都具有调控功能,而鸭HDAC1在氨基酸生物合成明显高于人HDAC1在此方面功能的概率.以上结果提示,这些二级结构、空间结构上的差异所造成鸭与人HDAC1功能上的差异,有可能是研究鸭HDAC1的切入点,需要在后续研究中加以重视.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李亮	四川农业大学动物遗传育种研究所	49	400	12.0	18.0
2	王浩瀚	四川农业大学动物遗传育种研究所	6	3	1.0	1.0
3	王继文	四川农业大学动物遗传育种研究所	125	673	13.0	21.0
4	何桦	四川农业大学动物遗传育种研究所	12	21	3.0	4.0
5	刘贺贺	四川农业大学动物遗传育种研究所	22	47	5.0	6.0
6	张荣萍	四川农业大学动物遗传育种研究所	4	9	2.0	3.0
7	孙玲俐	四川农业大学动物遗传育种研究所	1	1	1.0	1.0