水曲柳EST-SSRs位点信息分析

• 作者: 叶鹏 孙宏冉 詹亚光 齐凤慧
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 水曲柳 简单重复序列 EST-SSR
• 年，卷（期）: 2014,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 393-402
• 页数: 10页
• 分类号: Q949.776.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2014.03.017

摘要

为使EST-SSRs分子标记技术在水曲柳辅助育种、基因定位、雌雄鉴定等研究中应用,本文对NCBI数据库中的12 100条水曲柳ESTs进行了分析,序列拼接得到全长为3.02×106 bp的非冗余的5 423个ESTs聚类,利用在线软件SSRIT进行SSRs位点搜索,共检索出9489个SSRs位点.EST-SSRs的长度从6～46 bp之间变化.二核苷酸重复在水曲柳中占主导地位(6 914个),占总SSRs的72.86％,其次是三核苷酸(24.96％)和四核苷酸(1.37％).各种不同重复模式中出现最多的是(AG/CT)n(3 458次),占二核苷酸重复的50.01％,其次分别是(AC/GT) n(24.47％)和(AT/AT) n(24.23％).利用Primer 5.0软件共设计了147对EST-SSRs引物.水曲柳ESTs中SSRs出现频率较高,类型丰富,这一研究结果提供了水曲柳EST-SSRs信息,使该分子标记技术在水曲柳研究中的进一步应用成为可能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	詹亚光		162	1654	19.0	35.0
2	齐凤慧		32	165	7.0	11.0
3	孙宏冉		2	5	1.0	2.0
4	叶鹏		1	0	0.0	0.0