基于SNP位点鉴定藏菖蒲及其近缘种

• 作者: 廖保生 林余霖 王丽丽 王晓玥 金钺 陈晓辰 韩建萍
• 来源期刊: 中国现代中药
• 关键词: 藏菖蒲 DNA条形码 鉴定 ITS2 SNPs
• 年，卷（期）: 2014,（11）
• 所属期刊栏目: 专论
• 页码范围: 895-900
• 页数: 6页
• 字数: 4239字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13313/j.issn.1673-4890.2014.11.004

摘要

目的:采用DNA条形码技术和SNPs技术,快速准确鉴定藏菖蒲及其近缘种、混伪品.方法:提取藏菖蒲及其近缘种的全基因组DNA,扩增内部第二转录间隔区(internal transcribed spacer 2,ITS2)并测序,测序结果用CodonCode Aligner 4.2.7拼接;基于隐马尔科夫模型(Hidden Markov Model,HMM)注释ITS2,采用MEGA5.1进行序列比对,SNP位点查找、种内主导变异分析和系统进化树构建.结果:通过对藏菖蒲同属近缘种的96条ITS2序列进行分析,发现第23位和212位存在稳定的SNP位点,可准确鉴定藏菖蒲;藏菖蒲ITS2序列的种内变异很小,仅在158位存在一个多拷贝位点.结论:该方法快速、准确、特异性强,可用于藏菖蒲的鉴定.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	金钺	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	17	128	7.0	10.0
2	陈晓辰	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	6	106	5.0	6.0
3	林余霖	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	6	154	4.0	6.0
4	王丽丽	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	10	51	5.0	7.0
5	廖保生	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	4	62	3.0	4.0
6	王晓玥	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	3	15	2.0	3.0