大豆EST-SNP的挖掘、鉴定及其CAPS标记的开发

• 作者: 吴娜拉胡 才华 朱延明 李勇 束永俊 柏锡 纪巍
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 大豆 表达序列标签 基因组序列 单核苷酸多态性 酶切扩增多态性序列
• 年，卷（期）: 2010,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 574-579
• 分类号: S33
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2010.00574

摘要

采用生物信息学方法将大豆EST序列联配到大豆基因组序列上,挖掘到大豆EST-SNP位点537个.对其靶向基因进行功能注释分析,发现他们主要参与亚细胞定位、蛋白质结合与催化以及代谢等与大豆重要农艺性状形成相关的生物过程.同时开发了简便易行的SNP检测方法,利用EMBOSS软件筛选导致酶切位点改变的EST-SNE分别以大豆绥农14、合丰25、Acher、Evans、Peking、P1209332、固新野生大豆、科丰1号、南农1138-2的DNA及其混合的DNA为模板,设计引物进行PCR扩增,发现44个PCR产物中有36个测序峰图在预期的EST-SNP位点表现出多态性.酶切分析发现26个PCR产物具有酶切多态性.可以作为CAPS标记.结果表明该EST-SNP挖掘体系及其CAPS标记转化系统具有高效率、低成本等优点,有利于促进大豆的遗传育种研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李勇	东北农业大学生命科学学院	41	568	14.0	22.0
2	柏锡	东北农业大学生命科学学院	80	891	15.0	26.0
3	才华	东北农业大学生命科学学院	63	619	14.0	22.0
4	纪巍	东北农业大学生命科学学院	44	518	13.0	21.0
5	朱延明	东北农业大学生命科学学院	125	1696	22.0	34.0
6	束永俊	东北农业大学生命科学学院	9	112	5.0	9.0
7	吴娜拉胡	东北农业大学生命科学学院	2	49	1.0	2.0