栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析

• 作者: 包振民 李玲 李纪勤 胡晓丽
• 来源期刊: 中国海洋大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 栉孔扇贝 单核苷酸多态性 表达序列标签 高分辨率熔解曲线
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 56-63
• 页数: 8页
• 分类号: Q75
• 字数: 4274字
• 语种: 中文

摘要

EST(表达序列标签)数据库发掘是单核苷酸多态性标记(SNP)开发的重要途径.本研究利用栉孔扇贝转录组测序数据进行SNP筛选,在含有4条EST以上的18 780条contig(拼接序列)中,共获得21 813个候选SNP位点.利用高分辨率熔解曲线结合非标记探针技术,对其中90个位点在4个野生群体中进行了位点多态性检测.得到33个(36.7％)具有二等位基因位点,并对其中26个位点进行了功能注释.进一步的标记验证显示,33个多态位点在青岛野生群体的48个个体中均成功分型,其观测杂合度H.和期望杂合度He的分布范围分别为0.062 5～0.744 7和0.099 8～0.504 6,其中5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,各位点间没有检测到连锁不平衡.研究为栉孔扇贝群体遗传学和遗传育种分析提供了候选标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	包振民	中国海洋大学海洋生物遗传育种教育部重点实验室	63	1149	20.0	32.0
2	李玲	中国海洋大学海洋生物遗传育种教育部重点实验室	12	51	4.0	7.0
3	胡晓丽	中国海洋大学海洋生物遗传育种教育部重点实验室	9	84	4.0	9.0
4	李纪勤	中国海洋大学海洋生物遗传育种教育部重点实验室	1	19	1.0	1.0