西瓜嗜酸菌tatB基因生物信息学分析

• 作者: 杨姗姗 杨玉文 王铁霖 蒋洁 赵廷昌
• 来源期刊: 中国瓜菜
• 关键词: 西瓜嗜酸菌 tatB基因 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 所属期刊栏目: 试验研究
• 页码范围: 6-9,13
• 页数: 5页
• 字数: 3584字
• 语种: 中文

摘要

为了解西瓜嗜酸菌(Acidovorax citrulli)双精氨酸转运系统(Twin-arginine translocation system,Tat)关键基因tatB的生物信息学信息,利用相关软件对西瓜嗜酸菌和其他7种革兰氏阴性菌的TatB蛋白进行理化性质分析,氨基酸序列分析以及遗传距离分析;同时对西瓜嗜酸菌TatB蛋白的疏水性、跨膜结构域以及三级结构模型进行了预测.结果表明,西瓜嗜酸菌TatB的理化性质和洋葱布克氏菌(Burkholderia cenocepacia)更加接近,水稻白叶枯病菌TatB理化性质与其他6种细菌的相差较远;西瓜嗜酸菌TatB蛋白遗传关系与水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae)的最远,与洋葱酸皮病菌以及茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)的较为接近;预测西瓜嗜酸菌TatB蛋白有3个区域的疏水性比较高,在氨基酸序列的2～18位以及100～106位有2个跨膜区域,其三级结构可能为“L”型.对西瓜嗜酸菌tatB基因进行基本生物信息学分析,丰富了其生物信息学资料,有助于对西瓜嗜酸菌的致病机制进行深入研究,为以后选育抗病品种以及研发特异性的新药提供依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵廷昌	中国农业科学院植物保护研究所	88	1867	23.0	40.0
2	蒋洁	中国农业科学院植物保护研究所	2	6	1.0	2.0
3	杨玉文	中国农业科学院植物保护研究所	18	151	7.0	12.0
4	王铁霖	中国农业科学院植物保护研究所	11	76	5.0	8.0
5	杨姗姗	中国农业科学院植物保护研究所	3	23	2.0	3.0