基于全基因组系统发生的草菇基因家族显著扩增

• 作者: 汪虹 谭琦 陈明杰 鲍大鹏 龚明
• 来源期刊: 微生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 草菇 自溶 基因扩增 全基因组 异常代谢
• 年，卷（期）: 2014,（9）
• 所属期刊栏目: 遗传和分子生物学
• 页码范围: 992-997
• 分类号: Q933
• 语种: 中文
• DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.09.004

摘要

[目的]从基因组层次研究草菇低温自溶异常代谢的分子特征.[方法]对21个真菌物种进行全基因组系统发生分析,进而选取其中具有代表性的物种进行比较基因组学分析,系统研究草菇异常代谢分子特征.[结果]全基因组系统发生分析结果显示草菇位于草腐菌所形成簇的底端.基于全基因组系统发生树,由于担子菌和子囊菌属于完全不同的演化路径,所以选取担子菌中具有代表性的9个物种进行比较基因组学分析,结果显示相比于其它草腐菌,草菇基因家族具有一定的收缩趋势.进一步对不同范畴的基因家族数目进行比较,结果显示3个大于200的草菇基因家族(fam1、fam4和fam6)分别发生了显著扩增,且在总数上也显著高于其它物种,表明草菇的这一分子特征与其异常代谢相关.[结论]3个草菇基因家族(＞200)显著扩增提示其特定基因家族功能加强,很可能与草菇低温自溶密切相关.