实时荧光定量PCR法检测人粪便中双歧杆菌方法的建立及评价

• 作者: 吴秀丽 张云峰 张力文 房明丽 王宗润
• 来源期刊: 吉林大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 实时荧光定量聚合酶链式反应 引物 标准曲线 双歧杆菌
• 年，卷（期）: 2014,（3）
• 所属期刊栏目: 方法学
• 页码范围: 686-691
• 页数: 6页
• 分类号: R378.2
• 字数: 4701字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13481/j.1671-587x.20140344

摘要

目的：建立利用实时荧光定量PCR法检测人粪便中双歧杆菌浓度的方法，为检测人肠道内菌群浓度提供有效手段。方法：提取60例儿童粪便样本中细菌总DNA。选择细菌种属的特异性基因16SrRNA作为扩增区，依据双歧杆菌的16 SrRNA序列共设计3条引物，以常规 PCR扩增出的16 SrRNA部分基因片段制作标准品，应用 SYBR Green Ⅰ双链嵌合染料，对连续稀释的标准品及待测样本进行分析，建立绝对定量的标准曲线，同时计算出待测样本双歧杆菌浓度；根据可检测到的标准品最低拷贝数计算反应灵敏度；分析 PCR产物熔解曲线评价反应特异性；重复检测梯度稀释的标准品，用相同浓度标准品的Ct值变异系数（CV）评价反应稳定性。结果：常规PCR扩增出双歧杆菌16SrRNA部分基因片段长度约为613 bp，测序结果正确，成功构建了双歧杆菌实时荧光定量PCR反应中的标准品；生成的标准曲线R2＝0.999，最低检测限度为每个反应1.48×102个拷贝；实时荧光定量PCR产物的熔解曲线为单峰。对待测样本分批进行荧光定量 PCR检测，各组间每微升1.48×103～1.48×107个拷贝浓度标准品Ct值的变异系数为2.94％、3.39％、3.54％、3.08％和3.34％。60份儿童粪便样本双歧杆菌浓度对数值为7.77±0.86（拷贝数·g-1湿便）。结论：本研究所建立的实时荧光定量 PCR法敏感性高、特异性强，且重复性好，适用于检测人粪便中双歧杆菌的浓度。