优雅蝈螽VASA蛋白cDNA序列的克隆与生物信息学分析

• 作者: 刘静 周志军 寇晓艳 石福明 骞蕾阳
• 来源期刊: 环境昆虫学报
• 学科: 农学
• 关键词: 优雅蝈螽 vasa基因 转录组 cDNA
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 生理与生化
• 页码范围: 558-566
• 分类号: Q966|S433.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-0858.2015.03.13

摘要

Vasa基因属于DEAD-box家族,其功能主要是特定mRNA的翻译调控.在许多动物中,它都是生殖系细胞发育所必须,对生殖干细胞分化具有重要作用.为探究vasa基因在半变态类昆虫生殖系细胞发育中的作用,本研究首先从基于Illumina高通量测序平台测得的优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa成体转录组数据中筛选出一段长度为1215 bp的vasa基因片段,进而设计引物并利用RT-PCR和RACE技术获得其cDNA序列全长,最后利用生物信息学技术进行分析.结果显示:优雅蝈螽vasa基因的cDNA序列全长3359 bp,其中,5'端非编码区82bp,3'端非编码区1306 bp,开放阅读框1971 bp编码656个氨基酸,理论蛋白相对分子量(Mw) 72.3 kDa,等电点(pI) 5.48.通过与GenBank数据库中收录的其他VASA蛋白序列比对,发现优雅蝈螽VASA蛋白具有DEAD-box蛋白家族所共有的9个保守基序,AxTGoGKT (Ⅰ)、PTRELA (Ⅰa)、TPGR (Ⅰb)、DEAD(Ⅱ)、SAT(Ⅲ)、LVFVE(Ⅳ)、TDVuARGID(Ⅴ)、HRIGRTGR(Ⅵ)和GaccPoh1Q (Q),其中,GaccPohlQ (Q)的第3个氨基酸残基存在显著变化,建议将GaccPoh1Q(Q)修改为GaxcPoh1Q (Q).此外,优雅蝈螽VASA蛋白的N端还具有10个RG和2个RGG重复序列、起始及终止密码子附近的色氨酸(W)、C末端的7个氨基酸残基中有4个为酸性氨基酸残基(E),表明其具有ATP依赖的RNA解旋酶活性.基于氨基酸序列聚类结果显示:优雅蝈螽位于六足动物分枝末梢,与双斑蟋Gryllus bimaculatus的亲缘关系最近,这与二者的分类学地位相符.本研究表明基于短读长二代测序平台获得的转录组数据可以很好地服务于功能基因研究,所获得的优雅蝈螽vasa 基因cDNA全长对于进一步深入研究VASA蛋白在半变态类昆虫生殖系细胞发育研究具有重要意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘静	河北大学生命科学学院	279	2786	26.0	43.0
3	石福明	河北大学生命科学学院	57	219	7.0	12.0
6	周志军	河北大学生命科学学院	20	67	6.0	7.0
7	骞蕾阳	河北大学生命科学学院	4	20	3.0	4.0
8	寇晓艳	河北大学生命科学学院	2	10	2.0	2.0