优雅蝈螽卵巢Piwi蛋白亚家族成员Giwi cDNA序列全长的克隆与生物信息学分析

• 作者: 刘静 周志军 常岩林
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 优雅蝈螽 生殖干细胞 Piwi 转录组 cDNA 3D结构
• 年，卷（期）: 2013,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 111-117
• 语种: 中文

摘要

旨在进一步研究piwi基因在半变态昆虫干细胞自我更新和生殖系细胞发育中的作用.首先对实验室前期测定的优雅蝈螽(Gampsocleis gratiosa)转录组数据进行搜索,成功挑选出piwi基因的同源体,命名为giwi.通过设计特异性引物,采用巢式RT-PCR和RACE末端扩增技术克隆获得该基因cDNA序列.序列分析表明,优雅蝈螽giwi基因cDNA序列全长为3462 bp,包含1个完整的开放阅读框2 742 bp,编码913个氨基酸,以及一个长度为111 bp的5’端非编码区和609 bp的3’端非编码区.预测的理论蛋白分子量为102.7 kD,等电点为9.55.Giwi蛋白具备Piwi蛋白亚家族全部特征,C端的保守PIWI结构域,中部的保守PAZ结构域和N端可变结构域.同源比对分析得到PIWI结构域具有类似RNA酶H活性中心的DDH三联催化模体,暗示该蛋白具有切割活性.系统发育分析指出昆虫的Piwi和Aubergine可能源于远古基因的重复事件.通过二代测序技术获得的转录组数据可以很好地服务于未来的功能基因研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘静	河北大学生命科学学院	40	176	7.0	12.0
2	周志军	河北大学生命科学学院	20	67	6.0	7.0
3	常岩林	河北大学生命科学学院	20	71	5.0	7.0