基孔肯雅病毒全基因组的多序列比对及遗传进化分析

• 作者: 柯昌文 郭中敏 陆家海 龙遗芳
• 来源期刊: 中华疾病控制杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 基孔肯雅病毒 基因频率 变异(遗传学)
• 年，卷（期）: 2015,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 492-495,499
• 分类号: R373.23|R181.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2015.05.017

摘要

目的 了解基孔肯雅病毒(Chikungunya virus,CHIKV)毒株的时间、地区及基因型的分布情况,不同时间和地区分离毒株的相似性,核苷酸位点的变异情况以及病毒的遗传进化趋势,为基孔肯雅热的预防和控制奠定基础.方法 对美国国立生物技术信息中心(NCBI)中收录的CHIKV毒株全基因组序列共133条用DNAStar7.1软件进行核苷酸和氨基酸相似性比较及变异分析,用Mega 6.06进行遗传进化分析.结果 CHIKV组内核苷酸序列相似性在97.7％ ～ 100.0％之间,CHIKV组内氨基酸序列相似性在80.3％ ～ 100.0％之间,组内相似性较高,变异率较低;CHIKV碱基间的转换较为常见占碱基突变的81.02％;分离时间、地区相近的毒株遗传距离较近,不同谱系的东/中/南非型毒株已蔓延至欧亚各地区.结论 CHIKV毒株存在一定的变异,但具有较高的遗传稳定性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	柯昌文	广东省疾病预防控制中心病原微生物检验所	154	1211	18.0	26.0
2	郭中敏	中山大学医学院动物实验中心	57	251	9.0	13.0
3	陆家海	中山大学公共卫生学院热带病防治研究教育部重点实验室	97	466	12.0	14.0
7	龙遗芳	中山大学公共卫生学院热带病防治研究教育部重点实验室	1	3	1.0	1.0