牡丹不同发育阶段种子和花瓣组织实时荧光定量PCR中内参基因的挖掘与筛选

• 作者: 刘洪峰 胡永红 高乐旋
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 关键词: 牡丹 实时荧光定量PCR 内参基因
• 年，卷（期）: 2015,（12）
• 所属期刊栏目: 研究资源与技术改进
• 页码范围: 1639-1648
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2015.12.014

摘要

选择合适的内参基因是保证实时荧光定量PCR分析(quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)准确性的前提条件.本研究选取了‘凤丹’(Paeonia ostii ‘Feng Dan’)不同颜色变异个体的花瓣、不同组织(茎、叶片、花萼、花瓣)、不同发育时期的种子及‘凤丹’、西施’(Paeonia ostii‘Xi Shi’)、‘雀好’(Paeonia ostii ‘Que Hao’)3个品种花发育不同时期的花瓣共33份材料,利用qRT-PCR检测了来自于牡丹(Paeoniasuffruticosa)转录组数据库的16个候选内参基因AMPDS、ARFA1C、ERVTP、FCF2PRP、GATA24、GRF9、MBF1A、MHCRP、PAD1FP、PIN1AT、PKSP、PP2A、PP2CFP、PTRP、PUF1639、RPS9以及6令看家基因ARP2、IWS1、GAPDH、TBCC、TUA5和UBC28在四组实验条件下的表达水平,并利用geNorm和NormFinder程序对各基因进行稳定性评价.综合分析结果表明,在不同组的实验条件下最适合作为牡丹基因表达的内参基因各不相同.在以凤丹、西施和雀好3个品种花发育不同阶段花瓣为材料时,最稳定的内参基因为ERVTP、PP2CFP;在以不同花色梯度凤丹花瓣为材料时,最稳定的内参基因为RPS9和ARFA1C;在以不同组织(茎、叶、花萼和花瓣)为材料时,AMPDS和PUF1639表达变化最为稳定;对于不用发育阶段的种子而言,RPS9和PUF1639为最适合的内参基因.另外,PUF1639、MBF1A、PP2CFP和RPS9四个新筛选的内参基因较所选传统看家基因表现更优.研究结果表明,通过牡丹转录组数据来筛选稳定表达的内参基因是可靠且高效的.本研究为牡丹基因表达分析提供了稳定可靠的内参基因.