斑嘴鸭线粒体全基因组序列测定及分析

• 作者: 俞钦明 孙志明 富丽 徐琪 穆春宇 苏雁辉 赵文明 陈阳 黄正洋
• 来源期刊: 中国兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 线粒体全基因组 斑嘴鸭 系统进化树
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 基础兽医学
• 页码范围: 257-263
• 分类号: S813.3
• 语种: 中文

摘要

根据斑嘴鸭(Anas poecilorh yncha)同属近缘物种绿头鸭(Anas platyrh ynchos)线粒体基因组(mtDNA)序列设计引物,采用直接测序技术对斑嘴鸭mtDNA全序列进行综合分析.结果显示,斑嘴鸭mtDNA序列全长16 606 bp,包含22个tRNA、2个rRNA基因、13种蛋白质编码基因和1个D-loop区.碱基组成T为22.2％,C为32.8％,A为29.2％,G为15.8％,无明显的AT偏好性,22种tRNA都为典型的三叶草结构.参照棕头鸦(Larus brunniceph-alus)、黑尾地鸦(Podoces hendersoni)的12S rRNA,对斑嘴鸭12S rRNA的二级结构进行预测,结果其含有4个结构域,37个茎环.对D-loop控制区序列分析发现含有goose hairpin,E-box,F-box,D-box,Bird similarity-box及CSB1-box.并以原鸡作为外群,采用N-J算法和ML算法,基于mtDNA全序列及D-loop区分别构建系统进化树,发现3个家鸭品种与绿头鸭亲源关系较近.