产微球茎菌琼胶酶基因的克隆及生物信息学分析

• 作者: 倪辉 朱艳冰 王新侠 肖安风 蔡慧农 高贺
• 来源期刊: 集美大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 产微球茎菌 琼胶酶 克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 水产、食品与生物技术
• 页码范围: 261-268
• 页数: 8页
• 分类号: Q939.97
• 字数: 4929字
• 语种: 中文

摘要

以琼脂为唯一碳源的培养基分离出一株产琼胶酶的海洋菌株AG1,16S rRNA基因序列分析显示,该菌株为产微球茎菌(Microbulbifer sp.).以菌株AG1的基因组为模板,使用琼胶酶特异性引物进行PCR扩增,将扩增产物克隆至pMD18-T载体后进行测序.结果显示,克隆基因的大小为1302 bp,预测编码含有433个氨基酸残基的蛋白质.对该蛋白质进行生物信息学分析,结果表明,该蛋白质序列与来自耐热微泡菌(Microbulbifer thermotolerans)的琼胶酶氨基酸序列相似性为100％,预测本研究克隆的基因编码琼胶酶.该琼胶酶的理论分子质量大小为48.2 ku,理论等电点为5.42.采用同源建模法建立Microbulbifersp.AG1琼胶酶的三维结构,富含β-折叠.