阳春砂 HMGR 基因 cDNA 克隆及生物信息学分析

• 作者: 周仁超 易善泽 李帅广 牛得伟 王峰 陈小保
• 来源期刊: 暨南大学学报（自然科学与医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 阳春砂 HMGR 基因克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 页码范围: 285-292
• 页数: 8页
• 分类号: R282.5
• 字数: 4512字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11778/j.jdxb.2016.04.002

摘要

目的：克隆阳春砂3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶 A 还原酶（HMGR）基因的编码区 cDNA．方法：根据阳春砂叶片转录组得到的 HMGR 基因序列自主设计引物．用改良的 CTAB 法提取阳春砂叶片总 RNA，反转录得到 cDNA，以 cDNA 为模板通过 PCR 反应扩增阳春砂 HMGR 基因并克隆到 pMD-18T 载体，将获得的阳性克隆进行测序分析．运用生物信息学方法分析得到的 cDNA 序列．结果：成功扩增出全长1716 bp 的 cDNA 片段，将其成功克隆进入pMD-18T 载体，测序后将序列提交至 GenBank 得到其编号 KU572444．生物信息分析结果显示，该基因片段编码1个由571个氨基酸残基组成 HMGR 蛋白．HMGR 二级结构主要由43.95％的α-螺旋和47.29％的β-转角组成，同时还含有8.76％的β-折叠．与其他植物该蛋白质序列同源性及进化树分析结果表明，阳春砂 HMGR 与小米（Setaria italic）的同源性最高，且阳春砂与单子叶植物聚为一类．结论：从阳春砂叶片中成功克隆 HMGR 基因并进行了生物信息学分析．