梁山慈竹UGP基因克隆与生物信息学分析

• 作者: 卢学琴 廖倩 徐刚 曹颖 胡尚连 黄艳
• 来源期刊: 西南农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 梁山慈竹 UGP 克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源
• 页码范围: 498-502
• 页数: 5页
• 分类号: S795.504
• 字数: 3197字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16213/j.cnki.scjas.2016.03.006

摘要

以梁山慈竹笋为材料,采用RT-PCR方法克隆梁山慈竹UGP基因,对梁山慈竹UGP基因的编码区、氨基酸序列及蛋白质的结构和功能进行生物信息学分析.获得1个梁山慈竹UGP基因,命名为DfUGP(Genebank:KJ525752).测序结果显示该序列全长1561 bp,包含一个完整的ORF框,长度为1422bp,编码473个氨基酸.梁山慈竹UGP基因与巨龙竹、绿竹、水稻、大麦、玉米、甘蔗的具有高度的同源相似性,编码的蛋白结构较为相似,均合有N端区域、中心区域和C端区域,且蛋白三级结构中都具有NB-loop环和1-loop环.DfUGP具有N端的UDPGP功能域,其位于第90～379氨基酸,证明DfUGP属于尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶基因家族.