两种不同生境植物棉花与雪莲 CDPK1基因的克隆及生物信息学分析

• 作者: 刘玉玲 庞学兵 朱新霞 李永梅 李锦 田晓涵 祝建波
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 钙依赖性蛋白激酶(CDPK) 生物信息学 序列分析 结构预测
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 遗传育种?生理生化
• 页码范围: 1005-1012
• 页数: 8页
• 分类号: Q785
• 字数: 5371字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2016.05.008

摘要

为了研究两种不同生境植物钙依赖性蛋白激酶基因1（ CDPK1）的差异，分别从冷敏感作物陆地棉和高耐寒植物天山雪莲中克隆得到GhCDPK1和SikCDPK1基因。通过生物信息学分析发现，GhCDPK1和SikCDPK1的开放阅读框长度分别为1764 bp和1716 bp，各编码587和571个氨基酸。蛋白质表现为弱酸性，且不稳定，亲水；二级结构中以无规则卷曲和α?螺旋为主，三级结构同源建模成功；无跨膜结构域和信号肽，有多个磷酸化位点，但数量存在差异；均具有典型的CDPK保守结构域。 GhCDPK1和SikCDPK1氨基酸序列同源性为79?9％，二者明显的区别在于GhCDPK1含有4个EF?hand基序，但SikCDPK1只存在2个EF?hand基序。进化分析结果表明，GhCD?PK1与可可CDPK1亲缘关系最近，SikCDPK1与菊花CDPK2亲缘关系最近。