在葡萄果实发育Ⅰ、Ⅲ期差异表达的SWEET基因家族成员的生物信息学分析

• 作者: 匡柳青 王梓然 陈尚武 马会勤
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 葡萄 SWEET基因家族 生物信息学分析 QPCR
• 年，卷（期）: 2016,（11）
• 页码范围: 24-33
• 分类号: S663.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.11841/j.issn.1007-4333.2016.11.04

摘要

为探索SWEET基因家族在葡萄果实发育中的表达与功能,以本实验室完成的酿酒葡萄品种赤霞珠Ⅰ期和Ⅲ期果实的转录组数据为基础,筛选出在Ⅰ期和Ⅲ期表达量存在显著差异的9个SWEET基因家族成员,利用生物信息学工具,对这9个基因的基因结构、蛋白的基本理化性质、二级结构、亚细胞定位、保守基序和序列同源性等进行预测分析,并利用实时荧光定量PCR (qPCR)技术对分析结果进行验证.基因组定位结果发现这9个SWEET基因分布在7条染色体上,蛋白序列可分成4个亚族.不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;二级结构预测结果显示,这9个SWEET基因的氨基酸序列以a-螺旋和无规则卷曲为主要组成部分;基因结构分析表明,除VvSWEET4含有4个内合子,其余8个均含有5个内含子;对9个SWEET基因家族成员蛋白的亚细胞定位预测分析表明:它们大多定位在质膜、叶绿体类囊体膜和液泡膜上;QPCR结果表明,在Ⅰ期和Ⅲ期差异表达的9个SWEET基因家族成员中,5个基因上调表达,4个基因下调表达,与转录组分析结果一致.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈尚武	中国农业大学食品科学与营养工程学院	81	1052	16.0	31.0
2	马会勤	中国农业大学园艺学院	70	702	14.0	24.0
3	王梓然	中国农业大学园艺学院	1	0	0.0	0.0
4	匡柳青	中国农业大学园艺学院	2	5	1.0	2.0