山麻鸭开产期和产蛋高峰期卵巢组织转录组分析

• 作者: 张丹青 朱志明 李丽 林如龙 缪中纬 辛清武 郑嫩珠 陈红萍
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 山麻鸭 卵巢 转录组 差异表达基因 功能分类
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·资源昆虫
• 页码范围: 998-1007
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2016.05.020

摘要

[目的]探明山麻鸭开产期和产蛋高峰期卵巢组织的转录组差异,丰富蛋鸭转录组数据信息.[方法]选取6份山麻鸭卵巢组织样品(开产期和产蛋高峰期各3份),利用Illumina HiSeqTM 2000进行高通量测序,构建山麻鸭开产期和产蛋高峰期卵巢组织转录组文库,并用测序评估、基因功能注释等生物信息学方法进行分析.[结果]经过测序获得质量不低于20的碱基比例(Q20)均高于9 3％;开产期获得了4 3 489 798条reads,4 380 847 061 bp数据量;高峰期获得了42 782 676条reads,4 307 499 083 bp数据量;分别有70.92％和72.70％的reads能比对到鸭参考基因组序列上.对开产期与产蛋高峰期转录组进行比较,发现开产期有26 808个表达基因,产蛋高峰期有27 01 3个表达基因,与开产期为参考,在高峰期卵巢组织中共获得1 929个差异表达基因,其中上调基因989个,下调基因940个;进一步将这些差异基因在Nr数据库进行注释,发现获得注释的基因有1 423个,其中上调基因695个,下调基因728个;COG功能注释分析发现这些差异表达基因共获得663个功能注释,涉及25个功能分类;GO功能注释分析表明,有1 122个基因获得GO功能注释,可以分为61个功能分类,这些分类主要涉及到分子绑定、催化活性、细胞过程、生物调节等诸多生理生化过程,其中涉及到发育繁殖生物学过程的相关注释基因有406个;KEGG分析发现共有425个基因注释到160个代谢通路中,其中GnRH信号通路、GPI-anchor生物合成、TGF-β信号通路、核糖体生物合成等通路显著富集.GnRH信号通路和TGF-β信号通路在卵巢的生理生殖活动发挥了重要作用,而GPI-anchor生物合成和核糖体生物合成,这两类代谢通路在卵巢生理生殖活动的作用尚不明确.[结论]利用高通量测序技术对山麻鸭开产期和产蛋高峰期卵巢组织的转录组进行测序和分析,揭示了山麻鸭不同生理状态下卵巢组织差异表达基因的数量,获得了差异表达基因的功能、分类和代谢通路.为丰富蛋鸭卵巢组织转录组信息,为开展蛋鸭产蛋性状相关基因的研究及分子调控机制研究奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱志明	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	80	366	9.0	13.0
2	缪中纬	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	79	362	9.0	13.0
3	辛清武	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	48	193	7.0	11.0
4	李丽	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	25	96	6.0	9.0
5	张丹青	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	12	34	3.0	5.0
6	陈红萍		1	11	1.0	1.0
7	林如龙		1	11	1.0	1.0