针对Mapreduce机制下算法通信时间占用比过高,实际应用价值受限的情况,提出基于Hadoop二阶段并行c-Means聚类算法用来解决超大数据的分类问题。首先,改进Mapreduce机制下的MPI通信管理方法,采用成员管理协议方式实现成员管理与Mapreduce降低操作的同步化;其次,实行典型个体组降低操作代替全局个体降低操作,并定义二阶段缓冲算法;最后,通过第一阶段的缓冲进一步降低第二阶段Mapreduce操作的数据量,尽可能降低大数据带来的对算法负面影响。在此基础上,利用人造大数据测试集和KDD CUP 99入侵测试集进行仿真,实验结果表明,该算法既能保证聚类精度要求又可有效加快算法运行效率。