蜜蜂球囊菌的参考转录组de novo组装及SSR分子标记开发

• 作者: 刘敏 张曌楠 徐细建 李汶东 熊翠玲 童新宇 郑燕珍 骆群 黄枳腱
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 蜜蜂球囊菌 参考转录组 RNA seq 功能与代谢通路注释 SSR
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 病理与微生物
• 页码范围: 34-44
• 分类号: Q966
• 语种: 中文

摘要

[目的]通过RNA seq技术对纯培养的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序,de enovo组装球囊菌的参考转录组,并对其进行功能与代谢通路注释,进而基于该转录组数据开发球囊菌的SSR分子标记.[方法]首先通过差速离心获得活化的球囊菌孢子,配制含1×10 7孢子/mL的饲料饲喂4,5和6日龄的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica幼虫和中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫,通过Illumina HiSeqTM 2500平台同时对上述蜜蜂幼虫肠道及纯化球囊菌孢子进行深度测序,原始数据过滤后通过Trinity软件组装得到unigenes,进而通过BLASTX比对NCBI Nr,Swiss-Prot,KOG和KEGG数据库对unigenes进行功能与代谢通路注释.利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计SSR特异性引物,通过PCR对不同来源的球囊菌SSR位点进行扩增.[结果]本研究共获得146 135 308条高质量reads,de novo组装得到42 609个unigenes.BLASTX比对结果显示,29 316个unigenes在上述公共数据库中具有功能和代谢通路注释.注释到法夫酵母Xanthophyllomyces dendrorhous上的unigenes最多,达6 050个.KEGG注释结果显示,unigenes可注释到117个代谢通路,其中富集在核糖体(ribosome)上的unigenes数量最多(529).所有unigenes中共预测到7 968个SSRs,通过PCR开发出5个球囊菌SSR分子标记.[结论]本研究成功组装球囊菌的参考转录组,并进行了功能与代谢通路注释,可为在分子水平深入研究球囊菌提供重要的参考信息.基于该转录组信息开发的5个SSR分子标记可推动菌株鉴定、基因图谱构建及基因定位等研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	熊翠玲	福建农林大学蜂学学院	17	53	4.0	6.0
2	李汶东	福建农林大学蜂学学院	2	19	2.0	2.0
3	郑燕珍	福建农林大学蜂学学院	14	45	4.0	6.0
4	徐细建	福建农林大学蜂学学院	6	23	2.0	4.0
5	黄枳腱	福建农林大学蜂学学院	4	19	2.0	4.0
6	童新宇	福建农林大学蜂学学院	3	18	1.0	3.0
7	刘敏	福建农林大学蜂学学院	9	69	4.0	8.0
8	骆群		7	19	1.0	4.0
9	张曌楠	福建农林大学蜂学学院	3	19	2.0	3.0