基于2b-RAD简化基因组测序的半滑舌鳎群体遗传多样性分析

• 作者: 刘克奉 张博 汪笑宇 贾磊 郑德斌
• 来源期刊: 水产研究
• 学科: 农学
• 关键词: 半滑舌鳎 2b-RAD SNP 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 页码范围: 125-133
• 页数: 9页
• 分类号: S9

摘要

以天津野生、天津养殖和海阳养殖群体三个半滑舌鳎群体为材料,利用2b-RAD测序筛选得到的32,746个SNP位点,利用SNP标记,进行群体遗传结构、遗传多样性和类群间遗传关系分析。每个SNP位点在所有群体内遗传变异(Fis),群体间的遗传变异(Fst),总变异(Fit)以及综合多位点的Fis,Fst和Fit估计值,表明3个群体两两群体间的Fst值从0.0731~0.1635不等。天津养殖群体和天津野生群体的遗传分化最小,天津养殖群体和海阳养殖群体以及天津野生群体和海阳养殖群体的遗传分化大。选择消除分析结果显示3个群体的θπ在0.118~0.206之间,Tajima’D值在0.448~1.457之间:天津野生群体种群多态程度最高,天津养殖群体次之,海阳养殖群体最低。分别统计海阳、天津、天津野生三个群体中每个SNP位点的多态信息含量(PIC),天津野生最高为0.220,天津养殖次之,海阳养殖最低,为0.175,天津野生和天津养殖差异并不显著。利用软件GCTA进行主成分分析,PCA结果显示,前两个主成分PC1和PC2贡献率分别为16.25%和9.54%,累积贡献25.79%。二维聚类结果显示,天津野生少部分区域与天津养殖间隔较小,但是两个主成分大体上还是可以明显区分为两大类,且二者与海阳养殖群体分类界限明显。综合以上SNP位点多样性、多态性信息含量、群体遗传多样性比较结果,所取的半滑舌鳎天津群体较海阳群体具有较高的遗传多样性和种群多态程度,其中天津野生群体和天津养殖群体虽较海阳养殖群体有差异,但前两者之间差异并不显著,揭示天津野生和养殖群体可能有一定程度的混杂,不排除野生群体中混杂有经养殖放流的养殖个体的可能性。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	贾磊	中国水产科学研究院渤海水产研究中心	2	0	0.0	0.0
2	张博	中国水产科学研究院渤海水产研究中心	1	0	0.0	0.0
3	刘克奉	中国水产科学研究院渤海水产研究中心	1	0	0.0	0.0
4	郑德斌	中国水产科学研究院渤海水产研究中心	1	0	0.0	0.0
5	汪笑宇	中国水产科学研究院渤海水产研究中心	1	0	0.0	0.0