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社区获得性ST59型MRSA HZW450的全基因组测序及分析
社区获得性ST59型MRSA HZW450的全基因组测序及分析
作者:
倪淑君
吴灵娇
周佳维
姚坚
孟晓华
张琼
李兰娟
郭丽华
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌
全基因组分析
ST59
毒力基因
药敏试验
耐药基因型
摘要:
目的 对1例脓疱疮患者脓液中分离的1株社区获得性耐甲氧两林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)HZW450菌株进行全基因组测序并对序列信息解析.方法 使用三代测序PacBio技术对HZW450菌株进行全基因组测序,且使用SMRTanalysis v.R2.3.0对该序列进行序列拼接,上传NCBI进行基因功能注释,用RPSBLAST program进行直系同源簇(COG)注释以及毒力因子相关基因和耐药基因分析.同时比较国内其他地区发现的同一序列型(ST)的菌株毒力因子相关基因及耐药相关基因的差异,并比较HZW450菌株耐药基因型与表型的一致性.结果 HZW450菌株的基因组大小为2 831 958 bp,GC占比32.9%,其基因组完成图序列已提交至NCBI GenBank数据库,登录号为CP020741.同时经过分析发现该菌株为ST59型,其基因组中含有许多与致病相关的毒力因子,以及含有耐药基因aph(3’)-Ⅲ、ant (6)-Ia、mecA、norA、erm (B)和cat (pC233),毒力及耐药基因与ST59型其他菌株比较有差异.该菌株临床药敏结果与耐药基因比较分析发现,耐药表型与基因型存在差异.结论 本研究报道了1株CA-MRSA (HZW450)菌株的全基因组序列.基因序列分析显示该菌株携带大量毒力基因,包括lukS-PV、lukF-PV、eta、fnbA、fnbB、sspB、sspC等,编码毒素、粘附、免疫逃逸等相关毒力因子,其毒力较强,致病性较高.
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社区获得性MRSA
医院获得性MRSA
基因
1株西藏牦牛巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析
牦牛巴氏杆菌
全基因组测序
比较基因组学分析
社区、医院获得性MRSA感染分布及耐药性分析
葡萄球菌, 金黄色/药物作用
葡萄球菌感染
药物耐受性
社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌
医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌
内容分析
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文献信息
篇名
社区获得性ST59型MRSA HZW450的全基因组测序及分析
来源期刊
中国微生态学杂志
学科
医学
关键词
社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌
全基因组分析
ST59
毒力基因
药敏试验
耐药基因型
年,卷(期)
2017,(12)
所属期刊栏目
论著
研究方向
页码范围
1401-1406,1410
页数
7页
分类号
R378
字数
语种
中文
DOI
10.13381/j.cnki.cjm.201712008
五维指标
传播情况
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引文网络
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期刊影响力
中国微生态学杂志
主办单位:
中华预防医学会
大连医科大学
出版周期:
月刊
ISSN:
1005-376X
CN:
21-1326/R
开本:
大16开
出版地:
大连市旅顺南路西段9号
邮发代号:
8-27
创刊时间:
1989
语种:
chi
出版文献量(篇)
6899
总下载数(次)
14
总被引数(次)
45457
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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