比较不同DNA条形码对中国海岸带耐盐植物的识别率

• 作者: 姚鹏程 李宏庆 王晓梅 陈小勇 魏亚男
• 来源期刊: 生物多样性
• 关键词: DNA条形码 海岸带 耐盐植物 物种识别率 ITS matK
• 年，卷（期）: 2017,（10）
• 所属期刊栏目: 植物多样性
• 页码范围: 1095-1104
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.17520/biods.2017164

摘要

海岸带耐盐植物是一个生态和经济价值独特的庞杂类群,人们对其DNA条形码特性的了解甚少.本文对我国从辽宁到海南10个沿海省(市)大陆及岛屿海岸带耐盐植物广泛采样,从采集获得的样品中筛选出53科97属116个物种共562个样品进行DNA条形码研究.对3个叶绿体片段(matK、rbcL、trnH-psbA)和1个核基因片段(ITS)进行了扩增和测序,统计各个片段的引物通用性和序列获得率,并检验了物种识别率.从序列获得率来看,matK和trnH-psbA片段表现最好,ITS较差,ITS和matK的引物通用性比其他2个片段差.序列相似性分析表明,单个片段ITS物种识别率最高(73.36％),其次为matK (64.03％)和trnH-psbA (61.21％),rbcL的物种识别率最低,仅为46.41％.系统发育树分析显示matK的物种识别率最高(82.3％),依据trnH-psbA片段难以获得可靠的系统发育树.多维度非度量分析(non-metric multidimensional scaling,NMDS)表明在进行海岸带区域性植物的DNA条形码研究时,叶绿体片段和核基因片段均应该考虑.综合上述研究结果,推荐联合片段ITS+ matK作为中国海岸带耐盐植物DNA条形码.本文为海岸带耐盐植物研究提供了总计1,939条DNA条形码基础数据,为构建耐盐植物DNA条形码数据库奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈小勇	华东师范大学生态与环境科学学院	36	1197	19.0	34.0
2	李宏庆	华东师范大学生命科学学院	37	384	12.0	17.0
3	姚鹏程	华东师范大学生命科学学院	2	5	2.0	2.0
4	王晓梅	华东师范大学生命科学学院	5	13	2.0	3.0
5	魏亚男	华东师范大学生命科学学院	2	3	1.0	1.0